開始水處理的之前，廠家一定要考量成本費用。EDI超純水機器的初次購置成本會相對高，由于它的技術標準嚴格，機器成本不低。然而比普通的離子交換設備，其性價比依然很高的。一般的離子交換機器無法持續生產,并且再生時要采用許多的酸堿、人力和時間,這與自動化程度較高的EDI機器并沒有可比性.要是將離子交換柱的手動再生機器改為全自動再生機器,來達到EDI機器的自動化水平,另外為保證持續生產,一定要采用兩套離子交換機器,一開一備,則離子交換機器的機器投入就與EDI機器的差不多,而離子交換機器的運行成本要高得多。

EDI超純水設備有著傳統工藝沒有的優勢，廠家在采用超純水設備時一般會考量機器采用的經濟性，工業采用的純水都是采用EDI超純水設備開始生產。